بازار
این پژوهش که با کمک موسسه پژوهشی «Citrini Research» و آزمایش‌های آزمایشگاهی توسط شرکت‌های «Adaptyv Bio» و «Twist Bioscience» انجام شد، ۲۱۱ طرح انتخاب شده را آزمایش کرد که از این تعداد، ۱۷ طرح معیارهای اتصال دقیق را داشتند.
قوی‌ترین کاندیداها به یک سم عقرب مکزیکی با میل ترکیبی نانومولار تک رقمی متصل شدند که نشان‌دهنده تعامل مولکولی تنگاتنگ است.
این نتایج، گامی اولیه به سوی توسعه پادزهر بالقوه است، نه یک درمان مؤثر.
هزاران پروتئین غربالگری شدند
نیش عقرب سالانه حداقل ۱.۲ میلیون نفر را در سراسر جهان تحت تأثیر قرار می‌دهد و موجب بیش از ۳۲۵۰ مرگ می‌شود که عمدتاً در میان کودکانی در مناطقی با دسترسی محدود به مراقبت‌های پزشکی است.
پادزهرهای موجود عموماً با ایمن‌سازی حیوانات (از جمله اسب‌ها) با زهر و استخراج آنتی‌بادی از خون آنها تولید می‌شوند. تولید آنها می‌تواند ماه‌ها طول بکشد و درمان‌ها ممکن است فقط در برابر طیف محدودی از سموم مؤثر باشند.
شرکت آنتروپیک برای رفع این محدودیت‌ها، یک مدل تحقیقاتی داخلی «کلود» را به طراحی ریزمتصل‌ها(مینی‌بایندرها)؛ پروتئین‌های کوچکی که برای اتصال به اهداف خاص مهندسی شده‌اند، مأمور کرد. این پروژه بر پنج نوروتوکسین از عقرب‌های یافت شده در مکزیک، برزیل، شمال آفریقا و خاورمیانه متمرکز بود.
«کلود» که عمدتاً به صورت خودکار کار می‌کرد، از ۱۲ ابزار طراحی پروتئین برای تولید ۳۱۸ هزار و ۴۸۴ کاندیدا و غربالگری محاسباتی ۵۵۳ هزار و ۵۲ جفت پروتئین-سم استفاده کرد. این کمپین تقریباً معادل ۱۰ هزار ساعت توان پردازنده گرافیکی(GPU) را مصرف کرد.
«کلود» پس از یک درخواست اولیه و چهار پیگیری، ۱۸۰ طرح را برای آزمایش آزمایشگاهی انتخاب کرد. محققان متعاقباً با کمک این مدل، ۳۱ طرح دیگر را اضافه کردند.
۲۱۱ کاندیدای … …
