در پی توصیف آیت‌الله محمد اسحاق فیاض به‌عنوان «مرجعی غیرسیاسی»، برخی صاحب‌نظران و پژوهشگران حوزوی این برداشت را با آثار علمی و دیدگاه‌های فقهی وی ناسازگار دانسته‌اند.