بنا به تعريف ليپيدها ترکيبات قابل حل در اتر، بنزن و کلروفرم و غيرقابل حل در آب هستند. لفظ ليپيد يک عبارت کلى براى چربى‌ها و روغن‌ها است. روغن‌ها در درجه حرارت معمولى به‌صورت مايع هستند، اما چربى‌ها جامد مى‌باشند. روغن‌ها که اساسى‌ترين ذخيره انرژى در گونه‌هاى متعدد هستند، غالباً تا حدى در بذرهاى نشاسته‌اى يافت مىشوند. معمولاً ليپيدها از استرهاى ترى‌هيدريک الکل گليسرول و ۳ اسيد چرب تشکيل شده‌اند:
درجه غيراشباعى (يعنى نسبت پيوندهاى ساده به مضاعف بين اتم‌هاى کربن) و تعداد اتم‌هاى کربن، تعيين‌کننده نوع و خصوصيات اسيد چرب مى‌باشد. اسيدهاى اولئيک، لينولئيک و لينولنيک مهم‌ترين اسيدهاى چرب دانه‌هاى روغنى مى‌باشند. اين اسيدها که داراى ۱۸ کربن و به‌ترتيب ۱، ۲ و ۳ پيوند مضاعف هستند که بسته به نوع گونه ميزان يکى از اينها بيشتر از بقيه است (جدول اسيدهاى چرب در بذور گياهان زراعي). به‌عنوان مثال در سويا اسيد لينوئيک از ساير اسيدها اهميت بيشترى دارد. پاره‌اى از گياهان زراعى به‌خاطر خصوصيات نوع اسيد چرب بذور آنها کشت مىشوند، به‌عنوان مثال کرامبى (Crambe)، به‌خاطر اسيد اروسيک و کرچک به‌خاطر اسيد لسکوروليک کشت مىشوند.
جدول اسيدهاى چرب در بذور گياهان زراعى
نوع گياه
پيوندهاى غيراشباع کربن
اسم اسيد
-
C7:O
کاپريليک
-
C9:O
کاپريک
نخل، نارگيل
C12:O
لاريک
پنبه
C16:O
پالمتيک
کدوى Hubbard
C18:O
استريک
-
C18:1
اولئيک
سويا
C18:2
لينوئيک
کتان
C18:3
لينولنيک
منداب crambe
C22:1
اروسيک
سيزاب
o /\ C18:1+1 epoxy group -c-c-c-c
ورنوليک
کرچک
C18:2+1 hydroxy group-c-c-c
| OH
لسکوروليک
دانه‌هائى که به جهت ميزان روغن بالا انتخاب شده‌اند، ممکن است داراى پروتئين بالا نيز باشند، لذا انتخاب براى يکى احتمالاً شامل ديگرى نيز مى‌شود. روغن نخل از ميوه گوشتى (نه از دانه) آن گرفته مى‌شود برخلاف سويا، کنجاله نخل فرآورده‌ٔ غذائى پروتئينى توليد نکرده ولى ميزان محصول روغن نخل در واحد سطح از سويا بيشتر است. اما با توجه به ارزش غذائى بالاى سويا، اين محصول از موقعيت بهترى در بازار تجارت برخوردار است.
موم‌ها، استرهاى اسيدهاى چرب با يک الکل منوهيدريک بوده و خصوصاً در پوسته بذرها يافت مىشوند. موم‌ها در درجه حرارت معمول جامد هستند..
فسفوليپيدها براى ذخيره‌سازى و همچنين متابوليسم غشاء داراى اهميت بوده و نقش آنها ذخيره فسفر و انرژى براى رشد گياهچه مى‌باشد. فسفوليپيدها استرهاى اسيدهاى چرب و الکل هستند. اما داراى گروه فسفات و ازت کولين نيز مى‌باشند (شکل فسفوليپيد لسى‌تين).
لسى‌تين، فسفوليپيدى است که به‌طور طبيعى در طبيعت گسترش داشته و داراى اهميت تجارتى زيادى است. لسى‌تين سويا، يک اسم ژنريک است که در صنعت براى مخلوطى از سه فسفوليپيد لسى‌تين، سفالين و فيتين به‌کار مى‌رود. سفالين هم در سويا و هم در ساير دانه‌هاى روغنى داراى اهميت است. اسيدهاى چرب اصلى لسى‌تين و سفالين عبارتند از: اسيدهاى لينولئيک، اولئيک، پالمتيک و اسيدهاى هگزادکانويک.
در طول مدت جوانه زدن بذر، ليپيدها به اجزاء تشکيل‌دهندهٔ خود يعنى اسيدهاى چرب و گليسرول هيدروليز مىشوند. اين متابوليت‌ها متحرک بودده و به‌آسانى به محور جنين منتقل شده و در آنجا توسط چرخه کربس و يا به کمک مسير پنتوز فسفات اکسيده مىشوند. براى هيدروليز چربى‌ها مواد قليائى بسيار قوى به‌کار مى‌رود. در تجارت اين عمل صابونى شدن ناميده مى‌شود. در تجارت روغن‌ها از طريق اشباع کردن پيوندهاى مضاعف اسيدهاى چرب توسط هيدروژن، به چربى تبديل مىشوند، اين فرآيند هيدروژنه شدن ناميده مى‌شود.
ساير ترکيبات بذرها
بذر بايد تا زمان رسيدن گياهچه به خودکفائي، از مواد معدنى کافى جهت تأمين نياز گياهچه برخوردار باشد. ترکيب معدنى بذور مشابه بافت غيرجنسى آنها است با اين تفاوت که بذر داراى فسفر بيشتر بوده و مواد معدنى خاصى را نيز به‌شکل آلى دارا است. منبع عمده فسفر، فيتين 'فيتات' است. فيتين همچنين شامل نمک‌هاى آلى پيچيد‌ه‌اى از کلسيم، منيزيم، منگنز و پتاسيم مى‌باشد. اين مواد معدنى در هنگام جوانه زدن، توسط آنزيم فيتاز تجزيه مىشوند. تمرکز فيتين در دانه‌هاى خانواده گرامينه در آلورون و در گياهان دولپه، در لپه‌هاى آنها است. ميزان فيتين در گونه‌ها و ارقام مختلف، متفاوت است.
آلکالوئيدها، ترکيبات ذخيره‌اى ازت‌دار حلقوى هستند که در بذرها و قسمت‌هاى رويشى گياهان يافت مىشوند. آلکالوئيدها داراى مزه و بوى تندى بوده و ممکن است براى حيوانات و گياهان ديگر سمى باشند. جام شوکرانى که سقراط نوشيد داراى آلکالوئيد کونين بود. آلکالوئيدهاى مهم و معروف ديگر عبارتند از: نيکوتين، کافئين، مورفين، استريکنين و تئوبرومين 'درچاي' . آلکالوئيد گرامين، که در زمان رويش برخى نباتات علوفه‌اى خاص يافت مى‌شود، سبب کاهش پذيرش علوفه و بنابراين افت ميزان مصرف و نيز سبب خلال در سلامتى حيوان مى‌شود. آلکالوئيدهاى دانه در ابتدا به‌عنوان مواد بازدارنده جوانه‌زنى عمل مى‌کنند. آلکالوئيدها ممکن است در اکولوژى گياهان طبيعى نقش مواد آللوکميکال (Alleochemical)، داشته باشند که احتمالاً موجب حفظ گياهچهٔ جوان در مقابل رقباى آن مى‌شود.
دانه بعضى از گونه‌ها داراى ترکيبات فنلى همچون تانن‌ها، اسيد کلروژنيک، کومارين، اسيدفورليک و اسيدکافئيک مى‌باشد. اين ترکيبات نيز تحت عنوان لاکتون‌ها طبقه‌بندى مىشوند. لاکتون‌ها مى‌توانند مانع جوانه‌زنى شده و به بيان ديگر به‌عنوان مکانيسم خواب عمل نمايند.
بذرها منبع غنى بعضى از ويتامين‌ها همچون B کمپلکس بوده و اسيدهاى آمينه آزاد، قندها و اسيدهاى نوکلئيک با غلظت کم وجود دارند. بذرها همچنين داراى تنظيم‌کننده‌هاى رشد مانند اکسين‌ها، جيبرلين‌ها، سيتوکنين‌ها، بازدارنده‌هاى رشد (که در نمو گياهچه و جوانه‌زنى نقش حياتى دارند) مى‌باشند. برحسب تصادف، زئانين اولين ستوکنين طبيعى بود که از بذرهاى ذرت استخراج شد.
