کانال معقدى از پرزوکتودوم ايجاد مى‌شود که يک تورفتگى اکتودرم است. منشاء رکتوم انتودرم است. رکتوم با مخاط گلاندولار و کانال مقعدى با آنودرم پوشيده شده که تداوم اپى‌تليوم مطبق خارجى است. ناحيهٔ مرزى بين رکتوم و کانال مقعدى حاوى سلول‌هاى انتقالى (transitional) است. کانال مقعد و پوست خارجى مجاور آن عصب‌دهى حسى سوماتيک غنى‌اى دارند و به‌شدت به محرک‌هاى دردناک حساس هستند؛ مخاط رکتوم عصب‌گيرى خودمختار (اتونوم) دارد و نسبت به درد تقريباً غيرحساس است. در بيماران دچار نئوپلاسم رکتوم، درد جزء نشانه‌هاى زودرس نيست.
تخليهٔ وريدى در بالاى محل اتصال مقعد و رکتوم از طريق سيستم پورت است؛ تخليهٔ کانال مقعد از طريق سيستم مجوف (کاوال) است. بازگشت لنفاوى از رکتوم، در طول پايهٔ عروقى هموروئيدى فوقانى به سمت گره‌هاى مزانتريک تحتانى و آئورتى است، ولى عروق لنفاوى از کانال مقعد از طريق مجراى آلکاک به گره‌هاى ايلياک داخلى و از طرف قدام، به گره‌هاى اينگوينال مى‌روند.
مجراى مقعد حدود ۳ سانتى‌متر طول دارد. در مرز فوقانى مجراى مقعد محل اتصال مقعد و رکتوم (anorectal juncture) قرار دارد (محل اتصال پوست و مخاط، خط شانه‌اي، يا خط دندانه‌اي). در اين سطح، چاله (کريپت)هاى مقعدى و منافذ غدد مقعدى قرار دارند.
حلقه اسفنکترى آنورکتال از ترکيب اسفنکتر داخلى عضله طولى بخش مرکزى عضلات لواتور (پوبورکتاليس) و اجزاء اسفنکتر خارجى تشکيل شده است و در قسمت جلو اين حلقه بيشتر در معرض تروما است. اسنفکتر داخلى از عضلهٔ صاف غيرارادى تشکيل شده است؛ باقى عضلات، ماهيچه‌هاى مخطط ارادى هستند.
ساختارهاى حمايت‌کننده
عضلهٔ پوبورکتاليس يک حلقهٔ نگه‌دارنده در دو رکتوم تشکيل مى‌دهد تا از آن حمايت کند. رکتوم از طرف فاسياى والداير هم حمايت مى‌شود که يک لايهٔ سنگين بى‌عروق از فاسياى لگنى جدارى است؛ رباط‌هاى جانبى که عروق هموروئيدى تحتانى از آنها عبور مى‌کنند و مزورکتوم خلفى هم از رکتوم حمايت مى‌کنند. رباط‌ها و مزورکتوم، رکتوم را به‌سطح قدامى ساکروم تثبيت مى‌کنند.
سرخرگ‌ها
سرخرگ هموروئيدى فوقانى ادامهٔ مستقيم سرخرگ مزانتريک تحتانى است. سرخرگ هموروئيدى ميانى در هر طرف از شاخهٔ قدامى سرخرگ ايلياک داخلى يا سرخرگ پودندال داخلى جدا مى‌شود و در ضخامت رباط‌هاى جانبى رکتوم به‌سمت داخل حرکت مى‌کند. سرخرگ‌هاى هموروئيدى تحتانى شاخه‌هائى از سرخرگ‌هاى پودندال داخلى هستند و از مجراى آلکاک عبور مى‌کنند. آناستوموزهاى بين قوس‌هاى عروقى فوقانى و تحتاني، خونرسانى جانبى را تأمين مى‌کنند که پس از قطع‌شدن خونرسانى کولون چپ به‌دنبال جراحى يا در اثر انسداد آترواسکلروزى حائز اهميت است.
سياهرگ‌ها
سياهرگ‌هاى هموروئيدى فوقانى به عروق مزانتريک تحتانى و از آنجا به سيستم وريدى پورت تخليه مى‌شوند. اين سياهرگ‌ها هيچ دريچه‌اى ندارند. سرطان رکتوم ممکن است از طريق آمبولى به کبد منتشر شود. آمبولوس‌هاى سپتيک ممکن است باعث پيله‌فلبيت شوند.
سياهرگ‌هاى هموروئيدى تحتانى به وريد‌هاى پودندال داخلى و ايلياک داخلى و سيستم کاوال تخليه مى‌شوند.
عروق لنفاوى
لنف مجراى مقعد به گره لنفاوى اينگوينال مى‌رود در حالى‌که لنف رکتوم به گره‌هاى لنفاوى مزانتريک تحتانى و آئورتى مى‌ريزد. عفونت‌ها و سرطان منطقهٔ مقعد ممکن است باعث لنفادنوپاتى اينگوينال شوند. در پشت رکتوم، گره‌هاى گروتا (Gerota) قرار دارند. جراحى‌هاى راديکال براى ريشه‌کنى سرطان رکتوم و مقعد برپايهٔ آناتومى لنفاوى قرار دارند.
اعصاب
عصب‌دهى رکتوم از سيستم‌هاى سمپاتيک و پاراسمپاتيک است. رشته‌هاى سمپاتيک از شبکهٔ مزانتريک تحتانى و عصب هيپوگاستريک (پيش ساکرومي) جدا مى‌شوند که خود از طريق سه ريشه از گانگليون‌هاى سمپاتيک کمرى دوم، سوم و چهارم جدا مى‌شود. کنترل سمپاتيک از اين شبکه به اعضاء جنسى و عضلهٔ صاف کنترل‌کنندهٔ انزال امتداد مى‌يابد. عصب‌دهى پاراسمپاتيک از اعصاب ساکرال دوم، سوم و چهارم منشاء مى‌گيرد. رشته‌هاى اين اعصاب به بافت نعوظى آلت تناسلى مرد و کليتوريس مى‌روند و از طريق شانت‌دادن خون به اين بافت‌ها، نعوظ را کنترل مى‌کنند. درنتيجه، آسيب‌هاى وارد به اين اعصاب در حين جراحى‌هاى راديکال روى رکتوم ممکن است باعث اختلال کارکرد مثانه و جنسى شوند.
