تحقيق در مورد شاخه‌زنى روى پنجه‌هاى رو به بالا متمرکز شده است، بنابراين در مورد توليد ريزوم و استولون، در مقايسه با پنجه‌ها، اطلاعات محدود است. اين امر بديهى است زيرا پنجه‌هاى رو به بالا مستقيماً به علمکرد دانه يا علوفه کمک مى‌نمايند و به‌راحتى قابل ديدنى هستند. شاخه‌زنى تابع اثر متقابل ژنوتيپ و مجموعه‌اى از عوامل فيزيکى و زيست‌محيطى مى‌باشد.
ژنوتيپ
هر چند تعداد بالقوه شاخه‌ها مستقيماً با تعداد برگ‌ها مرتبط است لکن همه جوانه‌هاى موجود در زاويه برگ توليد شاخه نمى‌کنند. بعضى گونه‌ها بيش از يک شاخه در زاويه برگ توليد مى‌نمايند. بنابراين تصور مى‌شود که بيشتر از يک جوانه در زاويه برگ‌هاى آنان وجود داشته باشد. توتون يک مثال کلاسيک در اين مورد است اين عادت رشد مشکل عمده محصول توتون مى‌باشد. چراکه اين قبيل شاخه‌ها بايد توسط دست يا بازدارنده‌هاى شيميائى حذف شوند. در توتون همزمان با سرابدارى (حذف‌گل‌آذين) که به‌منظور حفظ ازت و کربن در برگ‌ها (که محصول قابل برداشت است) انجام مى‌شود. شاخه‌هاى جانبى شروع به رشد مى‌کنند. به‌هر حال پس از عمل سربردارى دو يا سه شاخه از زاويه برگ به‌وجود مى‌آيد در صورتى‌که در اکثر گياهان تنها يک شاخه در زاويه هر برگ شکل مى‌گيرد. ظهور بيش از يک جوانه برگ به اين معنى نيست که اختلاف در رشد يکنواخت جوانه وجود داشته باشد بلکه جوانه‌هاى محورى اضافى در زاويه برگ‌هاى شاخه جديد به‌وجود مى‌آيند و سپس ظاهر مى‌شوند.
در مطالعه‌اى که روى ارقام يولاف توسط فرى و ويگانز انجام شد، مشخص گرديد که شاخه‌هاى محورى تحت کنترل ژنتيکى قرار مى‌گيرند. ارقام يولاف بهاره با خاصيت پنجه‌زني، وقتى با فاصله ۳۰ سانتى‌متر کشت گرديدند هر بوته به‌طور متوسط ۷/۵ تا ۱/۷ پنجه توليد نمود. در صورتى‌که متوسط پنجه در بوتهٔ ارقام با خاصيت پنجه‌زنى زياد بين ۷/۹ تا ۱۳ پنجه بود. هر بوته ارقام پائيزه ۷/۹ تا ۲/۱۴ پنجه توليد نمود. در گندم تعداد پنجه‌ها بسته به ژنوتيپ متفاوت است ليکن دامنه تغييرات آن محدودتر از يولاف مى‌باشد (بانتينگ و دورنان ۱۹۶۶). گونه‌هاى مرتعى از نظر تعداد نپجه دوره رشد بسيار متفاوت هستند. به دلايلى که هنوز به خوبى مشخص نيست محل جوانه روى ساقه تأثير زيادى روى ظهور شاخه‌ها يا پنجه‌ها دارد.
در گياه تيموتى على‌رغم وجود محيط مناسب و توانائى تشکيل ساقه محوري، جوانه‌هاى سه برگ بالائى رشد نکرده و توليد پنجه نمى‌نمايند. تمام جوانه‌هاى محورى اين گياه تا زمانى که حداقل ۵ برگ آن به گسترش کامل نرسند در حالت خواب باقى مى‌مانند؛ به‌عبارت ديگر يک عامل جوانى در اين امر دخالت دارد. جوانه‌هاى قاعده و جوانه‌هاى جانبى پيرتر در ابتدا پنجه توليد مى‌نمايند. از آنجا که پنجه‌زنى در عملکرد دانه ذرت معمولاً ارزش چندانى ندارد اصلاح‌کنندگان بر انتخاب ژنوتيپ‌هائى که توليد پنجه نمى‌کنند تأکيد دارند؛ و اين برخلاف هدف انتخاب در اکثر غلات است. براى مثال در انقلاب سبز ارقام گندم و برنج با قدرت توليد پنجه‌هاى زياد انتخاب شدند و اين صفت در محيط مناسب غالباً با عملکرد همبستگى مستقيم دارد. در برنج تا يک ماه پس از کاشت تعداد پنجه‌ها افزايش مى‌يابد. دو هفته قبل از خوشه دادن تعداد پنجه‌ها به حداکثر خود مى‌رسد (اين پنجه‌زنى به‌وضع تغذيه گياه مادرى بستگى دارد).
در هيبريدهاى جديد ذرت جوانه‌هاى محوري، ساقه رويشى توليد نمى‌کنند و معمولاً جوانه محورى برگ ۱۱ و غالباً برگ ۱۰ يک شاخه زايشى يا بلال توليد مى‌کند. شاخه داراى بلال در مقايسه با شاخه‌هاى معمولي، شاخه‌هاى تغييرشکل يافته است که ميانگره‌هاى آن کوتاه است (البته اين امر تا حدى به ژنوتيپ نيز بستگى دارد)، همچنين برگ‌هاى شاخه بلال‌دهنده (غلاف بلال) از برگ‌هاى معمولى گياه خيلى کوچکتر هستند. برخلاف شاخه اصلى که به پانيکول يا گل‌هاى نر ختم مى‌شوند. در شرايط مطلوب بعضى از ژنوتيپ‌ها مى‌توانند بيش از دو بلال توليد کنند که اگر بلال‌هاى بالاى ساقه گياه در مراحل اوليه رشد قطع شود شاخه‌هاى بلال‌دهنده ديگر در زاويه برگ‌هاى پائين ظاهر مى‌شود. نکته جالب توجه آنکه جوانه‌هاى جانبى بالاى اولين بلال، به‌طور کامل در حال استراحت بوده و هيچ نشانه‌اى از تکامل حتى در محيط مناسب و مديريت خوب ديده نمى‌شود.
