طريقهٔ تأثير يک علف‌کش بر روى يک گياه نحوهٔ عمل علف‌کش نام دارد. فعاليت يک علف‌کش در مناطق مولکولى و سلولى مخصوصى انجام مى‌شود. يا اينکه علف‌کش بر روى يک پديدهٔ حياتى گياه تأثير مى‌گذارد. در بعضى حالات اين مناطق يا پديده‌ها شناخته شده‌اند؛ حال آنکه در بعضى حالات، تأثير علف‌کش بر روى گياه شناخته شده است اما علت اصلى اين تأثير در سطوح مولکولى و سلولى هنوز ناشناخته است. بسته به‌نحوهٔ عمل يا تأثير علف‌کش‌ها بر روى گياهان آنها را به ۶ طبقهٔ عمومى تقسيم‌بندى کرده‌اند: ۱. تنظيم‌کننده‌هاى رشد از نوع اکسين، ۲. ممانعت‌کننده‌هاى فتوسنتز، ۳. موادى‌که بر نفوذپذيرى سلول اثر مى‌گذارند، ۴. مواد بازدارندهٔ ميتوز، ۵. بازدارنده‌هاى رشد ساقه و ريشهٔ گياهچه، ۶. بازدارنده‌هاى رنگيزه.
تنظيم‌کننده‌هاى رشد از نوع اکسين (Auxin)
اين گروه از علف‌کش‌ها اثرات رويشى را سبب مى‌شوند که شبيه هورمون اکسين (IAA ايندول استيک اسيد - Indole acetic) است که به‌طور طبيعى در گياه توليد مى‌شود. بارزترين اثر آن بر روى گياهان حساس پيچيدن به پائين و آويختگى (خمودگى - Epinasty) ساقه و برگ‌ها است. اين علائم چند ساعت پس از استفاده از علف‌کش مشخص مى‌شود. معمولاً گياه به آرامى مى‌ميرد و به‌هر حال مرگ کامل گياه احتمالاً تا ۳ الى ۴ هفته پس از استفاده از علف‌کش مشاهده نمى‌شود.
دلايل پيچيدن و مرگ کامل گياهان حساس هنوز کاملاً آشکار نيست ولى به‌نظر مى‌رسد، تنظيم‌کننده‌هاى رشد باعث افزايش توليد اسيدهاى ريبونوکلئيک (Ribonucleic) در سلول‌هاى مى‌شوند که اين خود موجب مريستمى شدن بافت‌هاى گياهى مى‌شود. در نتيجه سلول‌ها به‌طور غيرقابل کنترلى تقسيم شده و رشد مى‌کنند و باعث مى‌شوند رويش برگ، ساقه و ريشه‌ها، شکل طبيعى خود را از دست بدهند، تمامى ذخاير غذائى به مصرف مى‌رسد، بافت‌هاى آوندى بسته يا مى‌شکنند و بالاخره گياه مى‌ميرد. افزايش توليد اتيلن نيز در گياه امکان دارد باعث خموده شدن اندام‌هاى گياه بشود. بافت‌هائى که فعالانه داراى فعاليت‌هاى مريستمى هستند، خصوصاً به ضايعات حساس‌تر مى‌باشند. براى مثال در ذرت که ريشه‌هاى هوائى آن در محل طوقه به‌وجود مى‌آيد، در صورت استفاده از تو-فوردى در زمان تشکيل اين ريشه‌ها از مريستم ميان‌بافتي، رشد ريشه‌ها غير عادى مى‌شود.
گياهان برگ‌پهن به اين گروه از علف‌کش‌ها حساس هستند، حال آنکه برگ‌باريک‌ها مقاوم مى‌باشند. دليل اين امر نامعلوم است اما احتمالاً به عواملى همچون متابوليسم و دوام علف‌کش در گياه بستگى دارد. فنوکسى اسيدها، بنزوئيک اسيدها (Benzoic acids)، پيکولينيک اسيدها (Picolinic acids)، و ناپتالام (Naptalam) گروهى از علف‌کش‌ها هستند که ترکيبات آنها شبيه اکسين است.
بازدارنده‌هاى رشد ساقه و ريشهٔ گياهچه
نحوهٔ عمل سلولى ترکيباتى که در اين گروه قرار دارند، نامعلوم است. بنابراين آنها را از نظر نتيجهٔ عمل آنها در گياه، طبقه‌بندى مى‌کنند. اکثر اين ترکيبات از رشد گياهچهٔ گياهان جلوگيرى مى‌کنند و احتمالاً تا حدى در تقسيم رشد و سلول تأثير مى‌گذارند.
گروه‌هاى علف‌کش و ترکيباتى که نحوهٔ عمل آنها ناشناخته است و از رشد گياهچه جلوگيرى مى‌کنند شامل تيوکاربامات‌ها (Thiocarbamates - بازدارنده‌هاى رشد ساقه)، بنسوليد (Bensulide)، ديفن آميد (Diphen amid)، ناپروناميد (Napronamid) و سيديورون (Siduron - بازدارنده‌هاى رشد ريشه) و مشتقات آميد (بازدارنده‌هاى رشد ساقه يا ريشه و يا هر دو) مى‌باشند.
بازدارنده‌هاى متابوليک
نحوهٔ عمل سلولى اين علف‌کش‌ها نامعلوم است. به‌نظر مى‌رسد اين علف‌کش‌ها يا از تشکيل آنزيم خاصى جلوگيرى مى‌کنند (گليفوسيت) و يا از فعاليت آن (دالاپون - Dalapon)، اما احتمال مکانيسم‌هاى ديگر نيز مى‌رود. اين ترکيبات در مرحلهٔ گياهچه و مرحلهٔ بلوغ کامل روى گياهان مؤثر هستند. اين علف‌کش‌ها داراى حرکت سيمپلاست بوده و به‌نظر مى‌رسد از رشد ساقه و ريشه جلوگيرى مى‌کنند. در نتيجهٔ استفاده از آنها، گياهان در مدت يک تا چندين هفته مى‌ميرند.
بازدارنده‌هاى رنگيزه
اين ترکيبات، توان ممانعت از سنترکارتنوئيدها را دارا هستند. در نتيجه گياهان رشد يافته سفيد (آلبينو - Albino) يا زرد روشن هستند. پس از استفاده از اين علف‌کش‌ها، کلروفيل موجود در بافت برگ از بين مى‌رود، اما اين امر، به‌نظر نمى‌رسد، نتيجهٔ مستقيم علف‌کش‌ها باشد. يکى از وظايف اصلى کاروتنوئيدها جلوگيرى از سفيد شدن کلروفيل توسط نور (Photo bleaching) با جابه‌جا کردن اکسيژن از ترکيبات فعال شدهٔ کلروفيل - اکسيژن است. بدون کاروتنوئيدها، کلروفيل از بين مى‌رود. مرگ گياه به آرامى رخ مى‌دهد و به‌نظر مى‌رسد علت مرگ، تهى شدن ذخاير غذائى گياه باشد. آميترول (Amitrol)، فلوريدون (Fluridone) و نورفلورازون (Photodegredation) از اين گروه علف‌کش‌ها هستند.
