استقلال مجوز حرفه‌ای خود را برای حضور در لیگ نخبگان آسیا دریافت کرده، اما این موضوع همچنان با واکنش‌ها و اعتراض‌هایی همراه است. پرسپولیس به عنوان جدی‌ترین شاکی این پرونده، مدعی است در روند صدور مجوز استقلال ابهاماتی وجود دارد؛ از جمله درباره برگزاری جلسات مجمع عمومی، صورت‌های مالی و برخی مسائل حقوقی.