سندرم بالينى آندوکارديت بسيار متنوع است و طيفى از تظاهرات حاد و تحت حاد را در بر مى‌گيرد. آندوکارديت حاد به‌طور معمول ناشى از استرپتوکوک‌هاى بتاهموليتيک، استاف طلائي، پنوموکوک‌ها، استافيلوکوک لوگدوننسيس، و انتروکوک‌ها است. آندوکارديت تحت حاد به‌طور معمول بر اثر استرپتوکوک‌هاى ويريدانس، استافيلوکوک‌هاى کوآگولاز منفي، عوامل ايجاد کننده آندوکارديت 'کشت منفي' و در مواردى انتروکوک‌ها و استاف طلائى ايجاد مى‌شود.
خصوصيات بالينى آندوکارديت غير اختصاصى هستند (جدول خصوصيات بالينى و آزمايشگاهى آندوکارديت عفوني)، ولى وجود اين علايم در يک بيمار تب‌دار که عوامل زمينه‌ساز دارد (عفونت جريان خون بر اثر ارگانيسم‌هائى که اغلب موجب آندوکارديت مى‌شوند، آمبولى‌هاى شريانى بدون علت مشخص، يا نارسائى دريچه‌اى پيش‌رونده قلبي) بايد شک به وجود آندوکارديت را برانگيزد. ممکن است در آندوکارديت حاد، شدت تب بيشتر از نوع تحت حاد باشد. در بيماران مبتلا به نارسائى قلبى يا کليوي، بيماران شديداً ناتوان، و افرد مسن ممکن است تب خفيف باشد يا اصلاً وجود نداشته باشد. سوفل‌هاى قلبى در نهايت در ۸۵% بيماران مبتلا به آندوکارديت حاد دريچه طبيعى تشخيص داده مى‌شود. نارسائى احتقانى قلب در %۴۰-%۳۰ بيماران بر اثر اختلال عملکرد دريچه‌اي، ميوکارديت، يا تشکيل فيستول داخل قلبى ايجاد مى‌شود. انتشار عفونت به ساختمان حلقه دريچه منجر به آبسه‌هاى دور دريچه‌اى مى‌شود، که با گسترش آن ممکن است فيستول، پريکارديت، يا بلوک قلبى ايجاد شود. تظاهرات کلاسيک محيط به مدت عفونت بستگى دارد و به دليل تشخيص و درمان زودرس، امروزه کمتر ديده مى‌شوند. کمردرد و درد عضلانى از علايم شايع هنگام مراجعه هستند و با درمان سريعاً بهبود پيدا مى‌کنند. اختلال کار کليه معمولاً ناشى از رسوب کمپلکس و گلومرولونفريت است؛ انفارکتوس‌هاى آمبوليک کليه به‌ندرت باعث نارسائى کليه مى‌شوند. تقريباً در ۵۰% موارد آندوکارديت ناشى از تزريق مواد مخدر، عفونت محدود به دريچه تريکوسپيد است؛ اين بيماران در موارد زيادى با علايم ريوي، مانند سرفه و درد سينه، مراجعه مى‌کنند، و در راديوگرافى سينه آنها انفيلتراسيون‌هاى ندولر ريوى مشاهده مى‌شود.
آمبولى‌هاى شريانى ممکن است در ۵۰% بيماران وجود داشته باشد؛ وژتاسيون‌هائى که در اکوکارديوگرام قطر آنها بيشتر از ۱۰ ميلى‌متر است و وژتاسيون‌هاى ميترال احتمال بيشترى براى آمبوليزه شدن دارند. آمبولى‌هاى تقريباً به هر عضو يا محلى مى‌توانند بروند. خطر آمبوليزاسيون در هفته اول آنتى‌بيوتيک درمانى داراى بالاترين ميزان است، به‌طورى‌که از ۱۳ مورد در ۱۰۰،۰۰۰ بيمار - روز در هفته اول به ۲/۱ در ۱۰۰،۰۰۰ بيمار - روز بعد از هفته سوم کاهش مى‌يابد. علايم نورولوژيک (که غالباً ناشى از حوادث آمبوليک است) در حدود ۴۰% بيماران مبتلا به آندوکارديت ديده مى‌شود؛ مننژيت چرکي، آبسه‌هاى مغزي، پارگى آنوريسم قارچي، تشنج و آنسفالوپاتى نيز در بعضى از بمياران مشاهده مى‌شود.
