استراتژى اصلاح نژاد شترمرغ بر پايه محدود کردن ميزان همخونى است. برخلاف آفريقا
که متوسط جمعيت گله‌ها شامل ۵۰۰ شترمرغ مادر است، در اروپا اين تعداد به‌سختى از ۳۰
پرنده تجاوز مى‌کند. تعداد کم شترمرغ‌ها در گله و انتخاب محدود باعث مى‌گردد که حتى
پرندگان زير حد متوسط گله جهت نگهدارى جمعيت انتخاب و نگهدارى شوند. در آفريقاى
جنوبى امکان انتخاب با استفاده از نتاج پرندگان و بررسى صفات اختصاصى وجود دارد که
اين امر منجر به بهبود قابل توجه برنامه اصلاح نژاد مىشود. در مراکز اصلاح نژادى
در خارج از آفريقاى جنوبى به‌خصوص در اروپا، انتخاب هدفدار به‌سختى امکان‌پذير است.
چرا که تعداد محدودى مرغ مادر به بازار عرضه شده و قيمت‌هاى گزافى براى آنها
پيشنهاد مى‌گردد. بايستى به اين نکته توجه داشت که اصلاح نژاد از پرندگانى انجام
مىشود که حداقل توليد متوسطى از گله را دارا باشند. پرندگان صادراتى از نمونه‌هاى
مرغوب کشورها نمى‌باشند. اين مشکل بزرگ اصلاح نژاد شترمرغ در خارج از آفريقاى جنوبى
است.
تنوع کم ژنتيکى پرندگان در مقايسه با ناحيه و کشور خود منجر به محدوديت بيشتر در
تنوع ژنتيکى مىشود، زيرا تعداد پرندگان مادر محدود بوده و استراتژى جفتگيرى بدون
اطلاع از شجره پرندگان انجام مىشود. اين شرايط به‌علت افزايش هموزيگوتى باعث کاهش
پيشرفت ژنتيکى شده و در نتيجه فراوانى ژن‌هاى مغلوب کشنده را افزايش مىدهد. از
آنجائى‌که ژن‌هاى مضر فقط وقتى بروز مى‌کنند که با فراوانى زياد در جمعيت وجود
داشته باشند، حذف اين ژن‌ها به‌وسيله خارج کردن پرندگان مبتلا، از برنامه اصلاح
نژاد در مراحل بعدى مشکل است. اين محدوديت تنوع ژنتيکي، کاهش در قدرت ماندگارى و
باروري، ناهنجارى اعضاء و افزايش ميزان مرگ و مير در مراحل مختلف رشد و تکامل از
مرحله جنينى تا پرنده بالغ را به‌دنبال دارد. هرگونه تغيير ژنتيکى در مرحله انتقالى
بين دو فاز تکاملى مى‌تواند اثر چنين ژن‌هاى معيوبى را آشکار نموده و باعث وقفه در
رشد و تکامل و حتى مرگ پرندگان گردد. اين تلفات بيشتر در مراحل جنينى در تخم‌هاى
جوجه‌کشى اتفاق مى‌افتد، اگرچه بيشتر تلفات جنينى در اثر عوامل محيطى مثل زمان
نگهدارى تخم و شرايط پرورشى رخ مىدهد.
براى پرورش‌دهنده شترمرغ نيز اين امر کاهش جوجه‌آورى و افزايش مرگ و مير قبل و
بعد از آن، کاهش قدرت ماندگاري، سرشت مريض پرنده و از دست دادن قدرت بارورى
شترمرغ‌هاى نر و ماده را به‌دنبال دارد. براى اجتناب از اثرات سوء ناشى از همخوني،
ضرورت ندارد که جفتگيرى شترمرغ‌هاى ماده کانادائى را با شترمرغ‌هاى نر آفريقائى
محدود نمائيم (ممکن است آنها هم داراى والدين مشترک باشند). يک فاصله ژنتيکى اپتيمم
بين پرندگان والد وجود دارد که به‌خودى‌خود با اجتناب از آميزش خويشاوندى نزديک
تثبيت خواهد شد.
چنين استراتژى بلند مدتى براى جلوگيرى از همخونى زمانى تحقق مى‌يابد که اجداد پرندگان به‌طور کامل و در جزئيات شناخته شده باشند و اين منحصراً شرط اساسى رسيدن به گله سالم و موعود است. يک پرورش‌دهنده بايستى با چند انجمن اصلاح نژادى ارتباط داشته باشد تا گله خود را با نمونه‌هاى مناسب اصلاح شده بهبود بخشد. او بايد با اطلاع از شجره پرنده‌اى که مى‌خرد از ورود پرندگانى که وابستگى نزديکى با گله موجود دارند ممانعت به عمل آورد. اطلاع از جزئيات عملکرد پرندگان و فرزندان آنها مى‌تواند او را در انتخاب پرندگانى با اثرات مثبت برروى گله کمک شايانى نمايد. موضوعات بحث شده در اينجا به‌نظر مى‌رسد در درجه دوم اهميت قرار گرفته و در حال حاضر در خارج از آفريقا مشکلات غذا، مديريت، بهداشت و جنبه‌هاى قانونى باعث گرديده که مشکلات اصلاح نژادى هميشه وجود داشته و مسئله انتخاب صحيح را تحت‌الشعاع قرار دهد.
پرندگان مادر با لاين با صفات مثبت نتايجى با سرشت وعملکرد عالى توليد مى‌نمايد.
معيارى براى توسعه درازمدت يک جمعيت اندازه مؤثر جمعيت (Effective size of populatton)، است. اين معيار شاخصى براى اندازه‌گيرى ميزان افزايش همخونى و گرايش اتفاقي در هر نسل است. اندازه مؤثر يک جمعيت جهت حفظ توان آميخته‌گرى در يک حد قابل قبول، به تعداد حيوانات مولد نر و ماده در هر نسل، خط مشيء اصلاح نژادى و گونه حيوان بستگى دارد. براى اينکه يک اصلاح نژاد قابل قبول فراهم گردد و ميزان همخونى در حد ۱% در هر نسل ثابت بماند اندازه مؤثر جمعيت براى جمعيت‌هاى کوچک گونه‌هاى مختلف حداقل ۵۰ حيوان در نظر گرفته مىشود.
اندازه مؤثر جمعيت با فرمول زير محاسبه مى‌گردد.
geneticdrift برترى تصادفى و در نتيجه از دست‌دادن واريته‌هاى ژنى در جمعيت‌هاى کوچک اصلاح نژادى است. تنها در جمعيت‌هاى بزرگ تمام ژن‌ها با احتمال برابر به‌نتايج منتقل مىشود و بدين‌ترتيب فراوانى ژن‌ها ثابت مى‌ماند.
Ne = 4 × ( Nm × Nf ) / Nm + Nf )
Ne = اندازهٔ مؤثر جمعيت
Nm = تعداد پرندگان نر مولد در جمعيت
Nf = تعداد پرندگان ماده مولد در جمعيت
براى مثال اندازه مؤثر جمعيت براى نسبت دو ماده به ازاء يک نر در جدول ۱۹ نمايش داده شده است.
اندازه مؤثر جمعيت
Ne
Nf
Nm
۲۷
۲۰
۱۰
۴۰
۳۰
۱۵
۴۸
۳۶
۱۸
۵۳
۴۰
۲۰
۱۳۳
۱۰۰
۵۰
۲۶۷
۲۰۰
۱۰۰
چنين ناهنجارى‌هائى با افزايش همخونى بيشتر اتفاق مى‌افتد. شکل حاضر تکامل ناقص نوک، مغز و چشم‌ها را نشان مىدهد.
بنابراين با توجه به موارد فوق جمعيت شترمرغ بايستى شامل حداقل ۵۷ پرنده غير خويشاوند باشد. در جمعيت اصلاح نژادى با تعداد نر و ماده به تعداد مساوى اندازه مؤثر جمعيت مؤثر حداکثر مىشود.
