شاه‌دژ اصفهان مجموعه‌ای ۵۰ هکتاری با آثار پیش از اسلام تا قاجار است؛ اما نبود مستندنگاری جامع و توسعه بدون پیوست باستان‌شناسی، حفاظت از آن را تهدید می‌کند.