مهم‌ترین کاربرد خزانه زمانی است که یک بانک ژنی بر اثر جنگ، بلایای طبیعی، تغییرات اقلیمی یا سوءمدیریت از بین برود و نیاز به بازیابی ذخایر بذر داشته باشد.