بالافاصله پس از جمع‌آورى هر تخم شترمرغ بايستى جهت رکوردگيري، آن شماره‌گذارى نمود. اطلاعات مربوط به والدين يا گروه توليدمثلي، تاريخ تخمگذارى و جمع‌آورى تخم و وزن اوليه بايستى ثبت گردد. بدون اين اطلاعات اوليه الگوى ژنتيکى گله اصلاح نژادى قابل تشخيص نخواهد بود.
هرگونه جابه‌جائى شامل حمل و نقل تخم‌ها از لانه به اتاق نگهدارى بايستى با دقت و بدون تکان‌هاى شديد صورت پذيرد. از فوم‌هاى پلاستيکى جهت جلوگيرى از تکان‌هاى شديد يا برخورد تخم‌ها با يکديگر مى‌توان استفاده نمود.
جهت حمل و نقل گسترده و نيز حمل و نقل‌هاى طولاني، تخم‌ها بايد طورى قرار گيرند که اتاقک هوائى در بالاى تخم باشد. در غير اين‌صورت اتاقک هوائى آسيب ديده و تخم نابارور مى‌شود. براى اين منظور از روش کندلينگ استفاده مى‌شود و تخم‌ها را در يک اتاق تاريک با منبع نورى قوى بررسى مى‌کنند. در روزهاى اول، اتاقک هوائى به اندازه يک توپ پينگ‌پنگ در انتهاى يک طرف تخم ديده مى‌شود و بقيه قسمت‌هاى تخم قدرى تيره‌تر به‌نظر مى‌رسد. در صورت نگهدارى تخم‌ها به مدت يک روز اين عمل آسان‌تر انجام مى‌شود. پس از کندلينگ محل اتاقک هوائى را درروى پوسته علامت‌گذارى مى‌نمايند (با يک مداد). طول مدت ذخيره کردن تخم در انبار ۲ تا ۱۰ روز مى‌باشد. مدت زمان نگهدارى و کيفيت سفيده به‌هم ارتباط دارند. در نگهدارى طولاني، کيفيت آلبومين نزول مى‌نمايد. در اوايل فصل تخمگذارى که کيفيت سفيده بالا مى‌باشد مى‌توان طول مدت نگهدارى تخم را افزايش داد. هرچه از دوره تخمگذارى مى‌گذرد مدت نگهدارى تخم شترمرغ در انبار بايستى کاهش يابد و علت آن نيز کاهش کيفيت سفيده مى‌باشد. به‌هرحال تخم‌ها بايستى حداقل يک‌روز بعد از جمع‌آورى و يا جابه‌جائى در انبار نگهدارى شده و سپس به ستر منتقل گردند.
درجه حرارت ارتباط مستقيمى با رشد و نمو جنين دارد. براى جلوگيرى از رشد بى‌قاعده جنين در زمان انبارکردن تخم‌ها، درجه حرارت بين ۱۵ تا ۲۰ درجه سانتى‌گراد توصيه مى‌گردد. در اوايل دوره تخمگذارى درجه حرارت محل نگهدارى بالاتر از اواخر دوره تخمگذارى مى‌باشد.
پرکردن ستر به روش همگى وارد همگى خارج (All in -All out)، از لحاظ بهداشتى بهتر از روش پرکردن تدريجى است، به شرطى‌که تخم کافى براى پر و خالى کردن يکباره دستگاه موجود باشد. يک رهيافت عملي، جمع‌آورى تخم شترمرغ در طول ۶ روز و قرار دادن يکباره آنها در ستر مى‌باشد. قبل از قراردادن تخم در ستر، بايستى آنها را به‌دقت و به‌تدريج گرم نمود تا از افت ناگهانى درجه حرارت در ستر اجتناب شود. تفاوت زياد درجه حرارت ستر و تخم شترمرغ باعث مى‌شود که تخم‌ها عرق کرده و محيط مناسبى جهت ميکروارگانيسم‌هاى مضر فراهم گردد.
چرخاندن تخم‌ها
زرده فقط توسط شالاز در سفيده به‌صورت غوطه‌ور نگهدارى شده و از طريق سفيده تغذيه و تنفس کرده و مواد دفعى خود را به سفيده برمى‌گرداند. چنانچه تخم شترمرغ در يک مکان به مدت طولانى قرار گيرد زرده نمى‌تواند اکسيژن و موادغذائى را به‌طور طبيعى دريافت نمايد و توسط مواد دفعى خود فاسد مى‌گردد. بنابراين بايد کارى کرد تا زرده در سفيده شناور نگه داشته شود و براى مدت طولانى در يک حالت باقى نماند تا از چسبيدن زرده به پوسته ممانعت به عمل آيد.
به‌محض تشخيص موقعيت اتاقک هوائي، تخم بايستى طورى قرار گيرد که اتاقک هوائى در بالا قرار گرفته و با خط عمود زاويه ۴۵ درجه بسازد و در هر بار چرخاندن، ۹۰ درجه آن را به سمت مخالف چرخانده به‌طورى‌که مجدداً با خط عمود زاويه ۴۵ درجه تشکيل دهد.
توصيه مى‌شود که در هر شبانه‌روز تخم‌ها ۶ بار (هر چهار ساعت يکبار) چرخانده شوند. بعد از قرار گرفتن تخم‌ها در هچر (از روز چهلم جوجه‌کشي)، عمل چرخاندن متوقف مى‌گردد.
انواع وضعيت‌هاى غيرطبيعى جنين در تخم
انواع وضعيت‌هاى غيرطبيعى جنين در تخم
انواع سوء موقعيت جنينى تخم
۱. سر بين دو پا قرار گرفته است.
۲. سر و کيسه هوائى در دو قطب مخالف مى‌باشند.
۳. سر به سمت چب رفته و در زير بال راست واقع نگرديده است.
۴. جنين پيچيده و نوک به طرف کيسه هوائى مى‌رود.
۵. انگشتان در بالاى سر قرار دارند.
۶. نوک به جاى زير بال راست در بالاى آن واقع گرديده است.
درصورت عدم تشخيص کيسه هوائي، چرخاندن تخم‌ها بايستى به‌صورت افقى صورت گيرد. در اين حالت خصوصاً در زمان انبارسازي، تخم‌ها به‌صورت افقى قرار گرفته و هر بار ۱۸۰ درجه بر حول محور طولى چرخانده مى‌شوند. چرخش بايستى در جهت عقربه‌هاى ساعت و نوبت بعدى مخالف جهت عقربه‌هاى ساعت باشد و اين سيکل مجدداً تکرار گردد. چرخاندن افقى ممکن است باعث سوء موقعيت نوع ۲ گردد يعنى سر جوجه و اتاقک هوائى در دو قطب مخالف تخم قرار گيرند.
علامت زدن تخم‌ها با يک پيکان به اين مسئله کمک مى‌کند. اگر پيکان در بالا باشد در جهت عقربه‌هاى ساعت و اگر در پائين باشد برخلاف عقربه‌هاى ساعت.
