دورهٔ ایلخانی تا قبل از صفویه

در دوران حکومت ايلخانان مغول، براى کافران، بهترين راه اميد به بقاءِ ناپيدائى بود؛ موبدان موبد، در صدد برآمد به‌همراه روحانيان خود در مکانى دور پناه جويد. دورترين نقطه از شهر يزد و محصور در کوه‌ها بود؛ و در تپه‌هاى نزديک آنجا، زيارتگاهى براى 'بانوى پارس' وجود داشت. علاوه بر اين، دو آتش بهرام را هم به روستاى مجاور آوردند و آنها را در خانه‌هاى آجرى کوچکى شبيه خانه‌هاى معمولى روستائى نشاندند. يکى از اين دو آتش با عنوان آذرخره، يکى از سه آتش بزرگ ايران باستان است. آتش بهرام نيز از آن يکى محبوب‌تر بوده اين دو آتش (که اينک توأم هستند) قديم‌ترين آتش‌هاى مقدس به‌جا ماندهٔ زردشتى هستند و احتمالاً بيش از دو هزار سال پيوسته افروخته بوده‌اند.

پس از آن، روستاهاى ترک‌آباد و شريف‌آباد با هم، مرکزيت سازمان روحانيت زردشتى ايران را تشکيل دادند. در کوه‌هاى اطراف يزد، چهار مکان مقدس ديگر هم بود که همه ساله زائرانى داشته‌اند.

تجمع بزرگى از زردشتيان هم در شهر کويرى کرمان و پيرامون آن وجود داشت. در آن سوى کرمان، يعنى در سيستان هم زردشتيانى بوده‌اند. از اين مهم‌تر اين که در خراسان هم زردشتيانى بوده‌اند. ولى پس از سدهٔ دهم ميلادي، از آذربايجان در شمال غربى ايران، خبرى از اين دين قديم به گوش نمى‌رسد و در دوران غازان‌خان که پايتخت او را در تبريز نهاده بود، گويا جامعهٔ زردشتى آنجا هم به پايان کار خود رسيده بود.

در سدهٔ دوازدهم، روحانيان پارسى فرهيخته‌اى وجود داشتند همراه زبان گفتارى پارسيان، يعنى گجراتي، زبان سنسکريت هم براى پژوهشگران اين جامعه به‌راحتى در دسترس بود؛ تيمور که مدعى مسلمانى بود، به سال ۱۳۸۱ م. به ايران تاخت؛ نخست خراسان را گرفت و سپس تمام ايران را ويران کرد. از جملهٔ اسيب‌ديدگان، زردشتيانى بوده‌اند که در آنجا ساکن بودند، و لشکرکشى‌هاى تيمور، چنان که سنت زردشتى مى‌گويد، بيشتر آنان را به گجرات فرارى داد.

در سده ۱۶ م روحانيان يزد، در نخستين نامهٔ خود براى پارسيان، اظهار تأسف کرده بودند که از زمان گيومرد، يعنى از آغاز تاريخ بشر، هيچ دوره‌اي، حتى دورهٔ اسکندر هم، بيش از اين 'هزارهٔ ديو خشم' براى مؤمنان غمبارتر و پرزحمت‌تر نبوده است. آنان سپس تحت حکومت ترکمانانى زندگى کردند که حکومت را به‌زور از دست پسران تيمور گرفته بودند؛ ولى به سال ۱۴۹۹ م. شاه اسماعيل، نخستين شاه صفوي، آنان را شکست داد و تاج شاهى ايران را بر سر نهاد. وى و جانشينان او که تا سال ۱۷۲۲ م. حکومت کردند، شيعى بودند و با فشار سخت، تقريباً همهٔ مسلمانان ايران را به هوادارى از اين شاخهٔ دين آنها کشاندند. شيعيان در احکام تطهير و ديگر رسوم آنها، بيش از سنيان، به زردشتيان نزديک بودند؛ ولى اين موضوع صرفاً آنان را بشتر مراقب ناپاکى کافران مى‌کرد و زندگى در دوران صفويه براى پيروان دين قديم ايران، دشوار بود.