نسب و والدین رهبر معظم انقلاب ، حضرت آیت الله خامنه ای

نسب آیت الله خامنه ای به حضرت سلطان سید محمد که از سادات حسینی است و با چهار واسطه فرزند امام سجاد می شود می رسد . ایشان به دلیل ظلم و جور عباسیان به مناطق مرکزی ایران و تفرش ، آشتیان و فراهان می آیند و از سوی مردم آن مناطق مورد استقبال قرار می گیرند ولی مأموران عباسی در تفرش ایشان را دستگیر و شهید می کنند و هم اکنون مزار ایشان در میقان اراک قرار داد . سید محمد فرزند سید محمدتقی ، فرزند سید میرزا علی ، فرزند سید میرزا اکبر ، فرزند سید فخرالدین از شجره مبارک حضرت سلطان سید محمد است که از تفرش به آذربایجان مسافرت می کنند و در شهر خامنه – ۸۰ کیلومتری شمال غربی تبریز – ساکن می شوند . بعد از وی سید حسین ، فرزند سید محمد در خامنه مشغول هدایت و ارشاد مردم می شود و البته به نجف اشرف سفر می کنند و در آنجا به درس و بحث اشتغال می ورزند . ایشان جد حاج سید علی خامنه ای بودند .
سید جواد فرزند سید حسین و پدر مقام معظم رهبری – که با شهرت خامنه ای شناخته می شود – در نجف اشرف در خانواده ای روحانی ، در سال ۱۲۷۳ شمسی متولد شد . در سه سالگی همراه پدر به تبریز می آیند و در محله " خیابان " سکنی برمی گزینند . وی در نوجوانی شاهد ماجراهای مشروطیت بود ، مخصوصا اینکه شوهر خواهرش " شیخ محمد خیابانی " رهبری بخش بزرگی از جریان مشروطه خواهی را در شمال غرب ایران رهبری می کرد و بطور بدیهی تمام خانواده را درگیر این جریانات ساخته بود .
آقا سید جواد خامنه ای در جوانی سفری به عتبات و سفر دیگری به مشهد کرد و در همین سفر آخر ، جذب معنویت و صفای علمای مشهد و هم جواری با امام همام موسی الرضا (ع) شدند و تصمیم به اقامت در مشهد گرفتند . وی ابتدا نه ماه و سپس ۹ سال در مشهد ساکن شد و از حضور علمای بزرگی چون " آیت الله آقازاده خراسانی " و " آیت الله حاج آقا حسین قمی " استفاده کردند .
پدر گرامی مقام معظم رهبری در سال ۱۳۴۵ قمری برای ادامه تحصیل به نجف اشرف می روند و تا سال ۱۳۵۰ در نجف از درس علمای عظام ، " آیت الله عظمی میرزای نایینی " و " آیت الله سید ابوالحسن اصفهانی " بهره وافر می برند . پس از این آقا سید جواد به مشهد باز می گردند و تا انتهای عمر پر برکت خود به وظایف دینی و علمی اشتغال می یابند .
ایشان در عین برخورداری از مقامات عالی علمی ، وجهه ای مردمی و محبوب داشتند و تا آخر عمر در خانه ای محقر و البته با صفا زندگی کردند . او همواره با رژیم های سلطه ستم شاهی مخالف بود و هرگز حاضر نشد تا قدمی در موافقت و تأیید آنها بردارد . مقام معظم رهبری در توصیف ایشان می فرمایند : " پدرم با هر کاری که رضا خان پهلوی کرده بود ، مخالف بود – از جمله ؛ اتحاد و شکل از لحاظ لباس – و دوست نمی داشت همان لباسی را که رضا خان به زور می گوید ، بپوشد . "
آقا سید جواد ، پس از چند ماه نقاهت و ضعف در سن ۹۲ سالگی به لقاءالله پیوست و پیکرش در دارالفیض حرم مطهر حضرت رضا (ع) دفن گردید . امام خمینی در پیام تسلیت خود ، علم و تقوای آقا سید جواد خامنه ای را مورد تأکید قرار داده اند و بیان فرمودند :
جناب حجت الاسلام آقای حاج سید علی خامنه ای رییس جمهور محترم دامت افاضاته
رحلت واله معظم جنابعالی که عمری با علم و تعهد و تقوا به سر بردند ، موجب تأسف گردید. این مصیبت را به جنابعالی و اخوان محترم و خاندان جلیل تسلی گفته ، سلامت و موفقیت آن جناب را از خدای تعالی مسئلت دارم .
والسلام علیکم و رحمة الله
۲۸ شوال المکرم ۱۴۰۶
روح الله الموسوی الخمینی
(۱۵ تیر ۱۳۶۵)
همسر حاج سید جواد و مادر حضرت آیت الله خامنه ای ، دختر آیت الله سید هاشم میردامادی و نجف آبادی ، از علمای برجسته نجف آباد اصفهان بودند . آیت الله سید هاشم میردامادی متولد ۱۳۰۳ ه ق در نجف اشرف بودند که ایشان سال ۱۲۱۰ ه ش به مشهد رفتند و در سال ۱۳۱۴ به علت سخنرانی تند علیه رضاخان به سمنان تبعید شدند . وی در سال ۱۳۳۹ ش دوباره به مشهد بازگشتند و به تفسیر قرآن در گوهرشاد پرداختند . ایشان در سن ۷۷ سالگی و به علت بیماری فوت کردند و در جوار امام رضا به خاک سپرده شدند .
نسبت آیت الله میردامادی با سی واسطه به ابوالحسن محمد دیباج ، فرزند امام صادق (ع) می رسد .
مقام معظم رهبری در مورد مادرشان می فرمایند:
"‌ پدر و مادرم ، پدر و مادر خیلی خوبی بودند . مادرم یک خانم بسیار فهمیده ، با سواد، کتابخوان ،‌دارای ذوق شعری ،‌حافظ شناس .. با قرآن کاملا آشنا بود ،و صدای خوش هم داشت "‌
● ولادت
آقا سید علی ۲۹ فروردین سال ۱۳۱۸ ه. ش مصادف با ۲۸ صفر ۱۳۵۸ ه. ق ( ۱۲ آوریل ۱۹۳۹ میلادی ) در خانواده ۷ نفره متولد شد . البته والده گرامی‌شان ابتدا از خانمی ۳ فرزند آوردند و بعد ا ز فوت ایشان از همسر دومشان ۵ فرزند دیگر حاصل شد که آقا سید علی فرزند دوم بود.
منزل پدری که آقا سید علی ، حدود ۶۵ متری در محله‌ای فقیر نشین در مشهد قرار داشت که یک اتاق و یک زیر زمین بود. البته بعدها کمی زمین در جوار آن خانه خریده شده و به آن خانه دو اتاق کوچک دیگر اضافه شد. مقام معظم رهبری در مورد وضع زندگی‌شان می فرمایند.
" وضعمان خیلی خوب نبود و اتفاق می‌افتاد شبهایی که من یادم هست،‌شبهایی اتفاق می‌افتاد ،‌در منزل ، شام نبود .... در دوران کودکی با زحمت بسیار برای ما کفش خریده بودند که تنگ بود،‌ دیگر پدرم قادر به عوض کردن آن نبود..."
"‌ پدر و مادرم ، پدر و مادر خیلی خوبی بودند . مادرم یک خانم بسیار فهمیده ، با سواد، کتابخوان ،‌دارای ذوق شعری ،‌حافظ شناس .. با قرآن کاملا آشنا بود ،و صدای خوش هم داشت "‌
آقا سید علی از حدود ۵ سالگی به مکتب رفت و در ۷ سالگی راهی دبستان دارالتعلیم دیانتی شد.
چشمهای آقا سید علی ضعیف بود لذا بعضی چیزها را نمی‌دید . د ر سیزده سالگی تازه فهمیدند او در بینایی ضعف دارد ولی به قول خودشان "‌این مشکلات بسیاری را در کار تحصیل من به وجود می آورد "‌
● نوجوانی:
آقا سید علی، دوره شش ساله دبیرستان را بطور شبانه خواندند و روزها هم به تحصیلات طلبگی در مدرسه نواب می‌پرداختند. ایشان از همان دوران جوانی ملبس به لباس روحانیت شدند و لباس هرگز نه در تحصیل و نه در بازی و ورزش مزاحمتی ایجاد نمی‌کرد.
آقا سید علی در کنار تحصیل کلاسیک و حوزوی و ورزش ، به مطالعه کتاب علاقه زیادی داشتند کتابخانه‌ی آستان قدس و کتابخانه پدری از جمله مراکز و کتابخانه‌هایی بودند که آقا سید علی برای مطالعه به آنجا مراجعه می‌کردند. علاوه بر این کتاب‌فروشی کوچکی در نزدیکی منزلشان بئد که کتاب کرایه‌ می‌داد. ایشان از دوره جوانی، با طبع لطیفی که داشتند، شعر می‌سرودند و گاه در انجمن‌های ادبی که در مشهد و بعضی شهرهای دیگر تشکیل می‌شد می‌خواندند. نام مستعار وی «امین» می‌باشد.
مقام معظم رهبری درس ۱۸ سالگی ، همزمان با اخذ دیپلم متوسطه، موفق به گذراندن درس‌های سطوح حوزه نزد پدر و سایر اساتید حوزه علمیه مشهد از جمله «حاج هاشم قزوینی» و «حاج سیداحمد مدرس یزدی» شدند. تمام دوره‌ی طلبگی تا اتمام دروس سطح ۵ سال و نیم بیشتر طول نکشید و سپس ایشان نزد مرحوم آیت‌الله میلانی دروس خارج را شروع کردند.
شوق آشنایی با حوزه‌های علمیه جهان تشیع و بهره‌مندی از علوم اسلامی، آقا سیدعلی هجده ساله را در سال ۱۳۳۶ به «نجف اشرف» کشاند و مدت دو سال وی از محضر اساتید بزرگی چون «خویی» ، «حکیم» ، «آقا میرزاباقر زنجانی» ، «میراز حسن یزدی» و «آقا سید یحیی یزدی» استفاده کردند.اما به خاطر مخالفت‌های پدر در ماندن در نجف به مشهد باز می‌گردند. ایشان از بین درس‌ها و اساتید از دروس فقهی آیت‌الله حکیم و آقا میرزا حسن بجنوردی بیش از بقیه استقبال کردند.
در اواخر سال ۱۳۳۷ با اجازه از پدر به قم می‌روند تا سال ۱۳۴۳ رد قم اقامت می‌گزینند. در قم از اساتید بزرگواری همچون «امام خمینی» ، «آقا مرتضی حاج شیخ» ، «آیت‌الله بروجردی» بهره‌مند شدند و البته یک مقدار از «اسفار» و «شفاء» را هم نزد علامه طباطبایی خواندند.
آقا سیدعلی در سال ۱۳۴۳ ، وقتی از قم به مشهد بازگشتند و ۲۴ سالشان بود تشکیل خانواده بودند. همسرشان بسیار صبور و بانویی رنج کشیده و یاور و پشتیبان ولایت بود. آیت‌الله خامنه‌ای شش فرزند دارند ؛ چهار پسر و دو دختر.
● فعالیت‌های سیاسی
آشنایی آقا سید علی با نواب صفوی در یکی از سفرهای نواب به مشهد شروع شد و شنیدن سخنرانی‌های حماسیش ، سید را به طور جدی درگیر فعالیت‌های سیاسی کرد. ایشان در مورد نواب می‌فرمایند:
«..... اساس سخنش این بود که اسلام باید زنده شود. اسلام باید زنده شود. اسلام باید حکومت کند و این کسانی که در رأس کار هستند اینها دروغ می‌گویند . اینها مسلمان نیستند و من برای اولین بار این حرف‌ها را از نوب صفوی شنیدم» (۱)
بعد از نواب، آقا سید با یک نهضت دیگر هم روبرو شد. نهضت ملی شدن نفت و محوریت آیت‌الله کاشانی، ایشان را مطمئن ساخت که تنها حضور دین و روحانیت است که می‌تواند با انگیزش علاقه دینی مردم ، در مقابل مستبدان ، بایستد و به باج‌خواهی و افزون طلبی آنها «نه» بگویند.
مقام معظم رهبری در مورد آیت‌الله کاشانی می‌گویند:
« مرحوم آیت‌‌الله کاشانی سابعه علمی‌اش در حد اجتهاد ، یک مرد مجتهد قوی که در دوران بعد از حادثه ۲۸ مرداد، چند سفر به مشهد آمده بودند .... مردی بود قوی، مردی بود شجاع، مردمی بود پارسا، آدمی بود بی‌طمع ، تهدید و تطمیع در او اثر نمی‌کرد و بسیار زیرک و هوشیارانه مسایل را می‌دید. زمینه چینی نفوذ آمریکا در کشور ما را بعد از واقعه خلع ید و روی کار آمدن دکتر مصدق به روشن پیش بینی می‌کرد ... .»
● آشنایی با امام خمینی:
آقا سید علی ، در مشهد بود و قصد عزیمت به قم برای تحصیل در حوزه علمیه این شهر را داشت. دقت و توجه می‌کرد که چه کسانی در قم مطرح هستند، تا نزد آنها به تعلم بپردازد، خودشان بیان می‌کند « در مشهد شنیده بودیم که در قم یک مدرسی، یک استاد بزرگی هست که جوان پسند و برجسته است ... آن روز در میان شاگردانش به عنوان «حاج آقا روح‌الله» شناخته می‌شد ... او مظهر نوآوری علمی و تبحر در فقه و اصول بود .... یواش یواش از قدیمی‌ترها شنیدیم که این مرد، فیلسوف بزرگی هم هست .... شنیدیم که این مردم معلم اخلاق هم بوده است و کسانی در درس او شرکت می‌کردند و او به تقویت فضایل اخلاقی در جوانان همت گماشته است». (۲)
در همان سال‌هایی که آقا سید در قم بودند در جلسات پنج‌شنبه و جمعه‌ی فلسفه‌ی علامه طباطبایی [اصول فلسفه و روش رئالیسم] هم شرکت کرد. با آشنایی با آیت‌الله دکتر محمدحسین بهشتی در کلاس‌های علوم جدید و انگلیسی حضور یافت ، اگر چه زبان انگلیسی را آنقدر یاد داشت که کلاس زبان را دیگر ادامه نداد.
این رفت و آمد‌ها و کلاس‌ها، آیت‌الله خامنه‌ای را با محمدجواد باهنر و هاشمی رفسنجانی آشنا کرد و به چاپ نشریه «مکتب تشیع» در حوزه علمیه قم انجامید.
حوزه‌ی علمیه قم رد سال ۱۳۴۱ با ندای حضرت امام (قدس سره) به پا خواست و در برابر مسأله «لایحه انجمن‌های ایالتی و ولایتی» در برابر رژیم شاه قد علم کرد. و آقا سید علی هم در متن این جریان فعالیت‌های مختلفی را در مراحل مبارزه به عهده گرفتند و در تظاهرات‌ها نقش عمده‌ای ایفا کنند.
مخصوصا بعد از اینکه امام فرمودند «روحانیت امسال عید ندارد». اشان همراه با یک سری از طلاب اقدام به سیاه‌پوش کردن طلبه‌ها و تهیه کردن تراکت‌های بسیاری با این عنوان که «ما عید نداریم» یا «عزای عمومی» کردند. همچنین وقتی که در روز دوم فروردین کماندوهای شاه به فیضیه حمله کردند ، آقا سید علی خود را به بیت‌ امام رسانده بود تا از آنجا حفاظت کنند. شب که شد یکباره خبر آوردند که همه باید بروید . امام گفته بود:
«راضی نیستم کسی اینجا بماند»
همه رفتند. ولی فردا صبح امام نامه‌ای نوشتند که جو خفقان دیروز شکسته شد. امام در نامه آورده بودند: «شاه دوستی یعنی غارتگری، شاه دوستی یعنی آدم کشی، شاه دوستی یعنی هدم آثار رسالت و .. » این نامه را سید علی و دوستان طلبه‌اش تکثیر کردند و به سرعت در کشور پخش کردند.
امام بوسیله سید علی چند پیام برای علمای مشهد فرستاده بود. یکی از پیغام‌ها راجع به اسراییل بود. آقا سید در دروان محرم به مشهد می‌آیند و قرار می‌شود تا به بیرجند ـ مرکز نفوذ اسدالله علم ـ بروند و ضمن بیان مسائل روز به مباحثی همچون دوم فروردین ۱۳۴۲، بحث اسراییل و چهره‌ی منفور شاه بپردازند. وی تا ۹ محرم، آنچنان شوری را در بیرجند به راه انداخت که همان روز نهم (۱۲ خرداد) بازداشت شد و سپس تحویل بازداشتگاه نظامی مشهد گشت. و مجموعا ایشان ۱۰ روز زندانی شدند. و بعد از آزادی باز هم به مبارزه ادامه دادند. ایشان شب شانزدهم رمضان ـ سالروز تولد امام حسن مجتبی‌ ـ در زاهدان چنان سخنرانی قرایی می‌کنند همان شب ساواک اشان را دستگیر و با هواپیمال به زندان «قزل قلعه» تهران می‌فرستد. این بار زندان ایشان ۲ ماه طول می‌کشد.
ایشان دوباره بعد از آزادی به قم می‌روند و جلسات مخفیانه‌ای را به همراه آیت‌الله مشکینی، ربانی املشی ، ربانی شیرازی، مصباح یزدی ، هاشمی رفسنجانی ، قدوسی و چند تن دیگر به راه می‌اندازند که البته در سال ۱۳۴۴ این تشکیلات لو می‌رود.
آیا سید علی در سال ۱۳۴۳، با اینکه در محضر اساتید بزرگواری کسب فیض و علم می‌کردند به ناچار و به علت بیماری پدرشان به مشهد باز می‌گردند. چشم‌های آقا سید جواد، آب می‌آمد. و مقام معظم رهبری برای معالجه ایشان در مشهد باقی می‌مانند.
در ۱۳ آبان ۱۳۴۳، کماندو‌های ارتش به خانه امام یورش برده و شبانه وی را دستگیر و به تهران می‌برند. از آنجا هم با یک هواپیمای ۱۳۰ـC امام به ترکیه تبعید می‌شود. و سپس از آنجا به عراق.
بعد از آن آقا سید علی و روحانیون مشهد تصمیم به تحصن کردن در مسجد گوهرشاد را می‌گیرند که قبل از آن پلیس از جریان مطلع و مسجد را غرق می‌کند. بعد دوباره آنها نامه‌ای را به «هویدا» می‌فرستند و ضمن تهدید وی خواستار آزادی امام می‌شوند، که ساواک آقا سید را دستگیر و زندانی می‌کند.
سید علی کتابی را با نام «‌آینده رد قلمروی اسلام» ترجمه می‌کند که خشم ساواک را بیش از پیش می‌انگیزد و ضمن توقیف کتاب در چاپخانه به تعقیب سید اقدام می‌کنند ولی ایشان زودتر به تهران می‌آیند تا قائله بخوابد. سال ۱۳۴۶ وقتی سید به مشهد باز می‌گردند، در خروج از خانه‌ی آیت‌الله میلانی به بهانه چاپ همان کتاب دستگیر شده و چهار ماه حبس می‌شوند. بعد از آزادی، مجدد در مشهد اقامت می‌کنند و ضمن اشتغال به تعلیم و تعلم، به سازماندهی طلاب می‌پردازند. در زلزله ویرانگر «فردوس» ، «کافک» و «گناباد» همراه تعدادی از طلاب و بازاری‌ها برای کمک به منظقه می‌روند و بطور چشمگیری اوضاع را مرتب می‌کنند.
به تدریج آقا سید محور مبارزات مشهد می‌شوند و در این اثناء کتاب‌های «صلح امام حسن»‌ ، «مسلمانان در نهضت هندوستان» نیز از ایشان چاپ می‌شود. ساواک در رابطه با همین کتاب‌ها در سال ۱۳۴۶ وی را دستگیر می‌کند ولی به زودی ایشان آزاد می‌شود.
در سال ۱۳۴۹ ، آْقا سید علی به دلیل تبلیغ افکار امام دوباره دستگیر و این‌ بار به مدت ۴ ماه زندانی می‌شوند. بعد از آزادی در سال ۱۳۵۰ به جرم همکاری با خرابکاران جشن ۲۵۰۰ ساله ـ تخریب دکل‌های برق جشن ـ ۲ ماه حبس و البته این بار به شدت شکنجه شده و مورد ضرب و جرح قرار می‌گیرند.
بعد از آزادی، دوباره مبارزه‌ها تشدید شد و حلقه‌های فرماندهی مبارزه علیه رژیم بوسیله سید در سه مسجد «کرامت» ، «امام حسن» ، و «میرزا جعفر» دور می‌زد. ساواک بعد از شناسایی این مراکز ، هرسه را تعطیل کرد.
دوباره در سال ۱۳۵۳ ایشان را ساواک دستگیر کرد و به شکنجه‌گاه «کمیته مبارزه با خرابکاری» تهران فرستادند و ۸ ماه آقا سید را به شدت شکنجه دادند. شهید رجایی در مورد ایشان می‌گوید:
«خاطرم هست که آقای خامنه‌ای را ریشش را ترشیده بودند و برای تحقیر، سیلی به صورتش زده بودند. و ایشان هم مقاوم و محکم ، بلوز زندان را به صورت عمامه به سرشان می‌بست و رفت و آمد می‌کرد». (۳)
به رغم تمام اذیت و آزارها از آقا سید هیچ مدرکی لو نرفت و ساواک نتوانست وی را دادگاهی کند، لذا تحت لوای شعار «فضای باز سیاسی» ایشان را در زمستان ۱۳۵۴ رها کردند. اما دوباره ایشان به مشهد برگشتند و تشکیلاتی را به محوریت تهران مسئولیت شهید بهشتی راه می‌اندازند و خودشان هم هر ۱۵ یا ۲۰ روز به تهران می‌رفتند تا در جلسه‌ی تشکیلاتی به عنوان یکی از هیأت رییسه ده نفری شرکت کنند. و جریان‌ها و تظاهرات‌های متعددی را در شهرهای مختلف سامان می‌دهند.
در گیر و دار این فعالیت‌ها ، در سال ۱۳۵۶ ، رژیم منحوس پهلوی با خشونت هر چه تمام تر آیت‌الله خامنه‌ای را دستگیر و به ایرانشهر تبعید می‌کند . و به خیال گرمای هوا و سنی بودن مردم محل ایشان از حرکت باز می‌ایستد.
اما آقا سید از فعالیت در آن شهر کوچک باز نمی‌ایستد و ضمن سامان وحدت شیعه و سنی در جریان سیل ایرانشهر ، با کمک تجربیات امداد رسانی، به مردم منطقه بسیار کمک می‌کند. تا جایی که رییس ساواک به شهربانی می‌گوید: «شما چقدر بی‌عرصه هستید که هیچ کاری نکردید، ببینید یک تبعیدی این جا چه اوضاعی درست کرده است؟!»(۴)
این تبعید تا سال ۱۳۵۷ طول می کشد و سپس آیت‌الله خامنه‌ای به مشهد باز می‌گردد و راهنمایی جریان‌های ضد ستم شاهی را بر عهده می‌گیرد. در همان سال به همراه چند تن از دوستان، طرح اولیه‌ی «حزب جمهوری اسلامی» پی‌ریزی شد و آیت‌الله بهشتی به مسئولیت دبیرکلی آن رسید.
بعد از آن به دستور امام « شورای انقلاب اسلامی» تشکیل شد و از آقا سید هم درخواست شد تا به تهران بروند ولی درگیری‌ها و مشغله‌ها در مشهد اجازه نمی‌داد که ایشان راهی تهران شوند تا اینکه امام شخصا به آقای مهطری زنگ زدند و تلفنی به ایشان گفتند که چرا آقا سید علی به تهران نمی‌رود. (۵)
آقا سید وقتی که به تهران رفتند تازه مطلع شدند که عضو این شورا هستند و قبلا نمی‌دانستند. عضویت در این شورا ، مانع برگشتشان به مشهد شد. آیت‌الله خامنه‌ای در تهران ماندند تا اینکه مقدمات ورود امام را فراهم سازند و حتی تحصن بزرگی را علیه بسته شدن فرودگاه‌ها ترتیب دادند.
بعد از ورود امام ، اقای سید علی مسئول تبلیغات دفتر امام شدند. همچنین ایشان با درایت تمام قائله‌ی تفرقه در میان مبارزین بوسیله‌ی کمونیست‌ها را می‌خواباند. در این جریان، کارگران «جنرال موتور» اعتصاب می‌کنند ولی در واقع کمونیست‌ها بودند که آنهارا برانگیختند . آیت‌الله خامنه‌ای ضمن افشای چهره‌ی کمونیست‌ها ، با کمک همان کارگران، خرابکاران را از کارخانه بیرون می‌اندازند.
بعد از پیروزی انقلاب اسلامی ، در اولین مأموریت، آیت‌الله خامنه‌ای در فروردین ۱۳۵۸، به سیستان و بلوچستان رفتند تا به اوضاع آنجا سر و سامانی بدهند و از خواسته‌های مردم بپرسند و در جهت تأمین نیازهای منطقه گام بردارند.
آقا سید رد سال ۱۳۵۸، نماینده شورای انقلاب در وزارت دفاع شدند و سپس در ۲۷ مرداد همان سال مسئولیت معاونت وزیر دفاع را هم پذیرفتند. در ۱۰ آذر ۱۳۵۸ با حکم امام سرپرست سپاه پاسداران شدند. آیت‌الله خامنه‌ای در جلسات کابینه هم حضور فعالانه داشت و با تصمیم‌گیری های مغایر نظام اسلامی و غرب مآبانه به شدت برخورد می‌کرد. ایشان در توصیف بخشی از خاطرات این زمان می‌فرمایند:
«دولت وقت به این نتیجه رسیده بود که هیج دلیلی ندارد که با آمریکا، دولت ثروتمند و قوی که به ما کاری هم نارد، بیخود دربیفتیم .... یکی از نتایجش این بود که آمریکایی‌ها را در داخل ایران بگذارند بمانند .... در نیروی هوایی عده‌ای از آمریکایی‌ها بودند که مدت‌ها ما خبر نداشتیم. (۶)
پس از فوت مرحوم طالقانی‌، امام خمینی در ۲۴ آذر ۱۳۵۸ ، آیت‌الله خامنه‌ای را به امامت جمعه تهران منصوب فرمودند.
در سال ۱۳۵۹ ، آقا سید با رأی ۱ میلیون و چهارصد هزار نفر در دوره اول ، نماینده مردم تهران شدند. و در طول دوران کوتاه نمایندگی خدمات شایانی را به انقلاب کردند. با شروع شدن جنگ آیت‌الله خامنه‌ای با اجازه امام به همراه شهید دکتر مصطفی چمران به جبهه جنگ حق علیه باطل رفتند البته هفته‌ای یکبار به تهران برای نمازجمعه می‌آمدند، یک بار که امام خمینی با این لباس ایشان را دیده بود، گفتند :«مایه افتخار است که یک روحانی لباس رزم بر تن کند».(۷)
در جریان جنگ، مسئله بنی‌صدر مطرح شده بود که ضمن جریان‌سازی در مرکز ، مانع پشتیبانی و قدرت گرفتن جبهه‌هیا حق بود. آیت‌الله خامنه‌ای در مقابله با وی بسیار تلاش می‌کردند زیرا ضمن اینکه عضو شورای مالی دفاع بودند، نماینده مردم تهران هم بودند یعنی هم با مسائل نظامی و هم سیاسی کاملا درگیر بودند و به خوبی از توطئه‌های بنی‌صدر مطلع می‌شدند و به همراه سایر دوستان در حزب جمهوری اسلامی، مخصوصا شهید بهشتی به افشای چهره‌ی این عنصر خائن پرداختند.
پس از عزل بنی‌صدر ، منافقان اعلام جنگ مسلحانه کردند. بنی‌صدر هم همراه رجوی ـ رییس منافقان و تروریست‌ها ـ به طور وقیحانه‌ای به فرانسه گریخت. منافقین در انتقام از امام خمینی و یاران فداکارش در ۶ تیرماه ۱۳۶۰، آقا سیدعلی را در مسد «ابوذر» تهران ترور کردند و ایشان به مدت ۲۴ روز در بیمارستان بستری شدند. این ترور دشمنان الام در واقع تفسیر عملی و عینی « و ما رمیت اذ رمیت و لکن الله رمی» شد زیرا در ۷ تیر ( فردای ترور آقا سید علی ) در محل حزب جمهوری اسلامی بمبی منفجر شد که ۷۲ تن از نزدیکترین و بهترین یاران امام به شهادت رسیدند.
بعد از مرخص شدن از بیمارستان ، با اصرار دوستان، آیت‌الله خامنه‌ای، کاندیدای ریاست جمهوری شدند و با رأی ۱./۹۵ (بالاترین رأی رؤسا جمهور) در ۱۳ مهر ۱۳۶۰ به ریاست جمهوری ایران رسیدند. در مرداد سال ۱۳۶۴، انتخابات چهارمین دوره‌ی ریاست جمهوری برگزار شد.
در این دوره نیز ایشان با ۶۷/۸۵ درصد آراء به عنوان رییس جمهور ایران برگزیده شدند. اشیان در مورد برگزیده شدنشان به عنوان رییس جمهور در هر دو دوره چنین می‌گویند:
«من دو دوره به ریاست جمهوری انتخاب شدم. در هر دوره من قبول نمی‌کردم. در دورهی اول ، من تازه از بیمارستان آمده بودم. در عین حال ، دوستان گفتند اگر قبول نکنی، این بار بر زمین می‌ماند ، کسی نیست ، ناچار شدم. در دوره دوم هم خود امام به من فرمودند که بر تو متعین است. من رفتم خدمت ایشان گفتم: «آقا من قبول نمی‌کنم، این دفعه دیگر من به میدان نمی‌آیم». گفتند: «بر شما متعین است» یعنی واجب است واجب کفایی نیست. متعینا بر شما واجب است، عینی است»(۸)
در یک سفری که آقا سید علی به عنوان رییس جمهور به کره رفته بودند ، اما مشتاقانه، استقبال مردم کرده را از ایشان در تلویزیون دنبال می‌کردند و در یک مورد به حاج احمد آقا فرمودند:
«الحق ایشان شایستگی رهبری را دارند»(۹)
در ۱۴ خرداد ۱۳۶۸ مصیبتی بزرگ ایران اسلامی و جهان اسلام و حتی هرکجا که مستضعف و حق طلبی وجود داشت را در بر می‌گرفت. امام خمینی با دلی آرام و قلبی مطمئن رحلت کردند و البته مطمئن بودند که رسالتشان کامل انجام شده است.
امام از میان ملت رفت بر بست و خلف و شاگرد و مرید صالحش، حضرت آیت‌الله خامنه‌ای ، ولی مطلقه فقیه شد.
مقام معظم رهبری با وجود مشغله‌های بسیار و عدم انتشار بعضی از آثار ، تألیفات متعددی دارند که بعضی از آنها به شرح ذیل می‌باشد:
۱) آینده در قلمروی اسلام
۲) مسلمانان در نهضت آزادی هندوستان
۳) ادعا نامه‌ای علیه تمدن غرب
۴) صلح امام حسن
۵) طرح کلی اندیشه اسلامی در قرآن
۶) گفتاری در باب صبر
۷) از ژرفای نماز
۸) درس‌های نهج‌البلاغه
۹) درست فهمیدن اسلام
۱۰) سری در زندگی امام صادق (ع)
۱۱) گفتاری درباره حکومت علوی
۱۲) شخصیت سیاسی امام رضا
۱۳) منافقین ، دشمنان حکومت اسلامی

پژوهشگر: سید محمد مهدی غمامی
پی‌نوشت‌ها:
۱ـ مصاحبه اختصاصی مرکز اسناد انقلاب اسلامی با مقام معظم رهبری ـ سال ۶۱ و ۶۲
۲ـ خطبه‌های نماز معه ، ۱۴/۳/۱۳۷۸
۳ـ روزنامه جمهوری اسلامی ـ ۱۰ شهریور ۱۳۶۳
۴ـ روزنامه رسالت ۳۱ خرداد ۱۳۶۸
۵ـ مرجعیت حضرت آیت‌الله عظمی خامنه‌ای ، ص ۵۹
۶ـ روزنامه جمهوری اسلامی ، ۵ اردیبهشت ۱۳۷۴
۷ـ حوزه و روحانیت ، چ ۱ صفحه ۹۱
۸ـ روزنامه اطلاعات ، ۲۴ آذر ۱۳۷۳
۹ـ روزنامه رسالت ۱۶ خرداد ۱۳۶۸

منبع : مرکز اسناد انقلاب اسلامی