آشنایی با عملكرد سیستم دفاعی بدن ایمن شناسی مطالعه عملكرد حفاظتی بدن در برابر ماكرو ملكول‌های خارجی یا ارگانیسم‌های مهاجم و پاسخ بدن به آنها است. این ارگانیسم‌های مهاجم شامل ویروس‌ها، باكتری‌ها، پروتوزوآ و انگل‌های بزرگتر هستند. به علاوه بدن بر علیه پروتئین‌های خودی (و دیگر ملكول‌ها) در حالت خود ایمنی و در برابر سلول‌های غیرعادی خودی در ایمنی تومور، نیز پاسخ می‌دهد. اولین خط دفاعی ما در برابر ارگانیسم‌های خارجی موانع بافتی مانند پوست هستند كه از ورود ارگانیسم به بدن جلوگیری می‌كنند. اما اگر راه نفوذ به این لایه‌های مانع باز شود، بدن حاوی سلول‌هایی است كه به سرعت به حضور مهاجم پاسخ میدهند. این سلول‌ها شامل ماكروفاژها و نوتروفیل‌هایی هستند كه ارگانیسم‌های خارجی را می‌بلعند و آنها را بدون نیاز به آنتی بادی از بین می‌برند. یك پاسخ فوری هم از ملكول‌های محلولی كه ارگانیسم مهاجم را از مواد مغذی ضروری (مانند آهن) محروم می‌سازند و نیز از ملكول‌های خاصی كه روی سطوح اپی تلیال، در ترشحات (مانند اشك و بزاق) و در جریان خون موجودند، اعمال می‌شود. این نوع ایمنی حالت ذاتی یا غیراختصاصی سیستم ایمنی است كه دائما برای پاسخ به تهاجم آماده است. خط دوم دفاعی بدن ایمنی اختصاصی یا سازگار است كه ممكن است چند روز طول بكشد تا به یك تهاجم اولیه (كه در واقع عفونت ایجاد شده توسط یك ارگانیسم است كه تا آن لحظه دیده نشده) پاسخ دهد. در سیستم ایمنی اختصاصی، آنتی بادی (پروتئین‌های محلول كه به آنتی‌ژن‌های خارجی متصل می‌شوند) و پاسخ‌های باواسطه سلولی كه در آن سلول‌های خاص، پاتوژن‌های خارجی را تشخیص میدهند و آنها را از بین می‌برند، دیده می‌شود. در مورد ویروس‌ها یا تومورها، این پاسخ برای تشخیص و تخریب سلول‌های آلوده به ویروس یا سرطانی شده، حیاتی است. پاسخ به عفونت بعدی اغلب سریعتر از عفونت اولیه است زیرا در این حالت سلول‌های T و B خاطره (كه پیش از این در عفونت اولیه با پاتوژن آشنا شده‌اند) فعال می‌شوند. در حقیقت سلول‌های سیستم ایمنی به واسطه مجموعه‌ای از ملكول‌های سیگنال با یكدیگر تداخل می‌كنند به طوری كه یك پاسخ هماهنگ ایجاد شود. این سیگنال‌ها ممكن است پروتئین‌هایی همچون لمفوكین‌ها باشند كه به وسیله سلول‌های سیستم لنفوئیدی ایجاد می‌شوند. ساتیوكامین‌ها و كموكاین‌ها باشند كه توسط سایر سلول‌های دخیل در پاسخ ایمنی تولید می‌شوند. این پروتئین‌ها سلول‌های سیستم ایمنی را تحریك می‌كنند.
